¿Qué es una imagen de diapositiva completa o diapositivas virtuales?
Las imágenes de portaobjetos completos (Virtual Slides), son imágenes de histopatología física de alta resolución escaneadas con escáneres especiales, que producen imágenes en gigapíxeles. Permite a los científicos, investigadores y patólogos clínicos utilizar software para ampliar las regiones de interés de las regiones de interés.
Los visores de imágenes de diapositivas completas se utilizan en diferentes sectores como diagnóstico médico, diagnóstico intraoperatorio, educación médica, formación de estudiantes de medicina, sistemas de apoyo a las decisiones de diagnóstico, investigación clínica e inmunohistoquímica (IHC).
Imagen completa y patología digital.
A menudo escuchamos el término patología digital, que es un concepto técnico para mejorar la calidad, reducir los errores y proporcionar una mejor visualización de las diapositivas. Sobre todo, la patología digital tiene como objetivo proporcionar métodos colaborativos para mejorar el diagnóstico y la investigación.
Formatos de imagen de diapositiva completa
Hay varios formatos de imágenes de diapositiva completa, no existe una versión estándar debido a la variedad de proveedores, pero tenemos bibliotecas, proyectos y software diseñados para procesar esos formatos. Aquí hay una lista de los formatos más comunes. [src: OpenSlide]:
- Philips (.tiff): TIFF o BigTIFF en mosaico piramidal de un solo archivo con metadatos no estándar
- Aperio (.svs, .tif): TIFF en mosaico piramidal de un solo archivo, con compresión y metadatos no estándar
- Hamamatsu (.vms, .vmu, .ndpi): JPEG/NGR de múltiples archivos con metadatos propietarios y formatos de archivos de índice, y formato tipo TIFF de un solo archivo con metadatos propietarios
- Leica (.scn): BigTIFF en mosaico piramidal de un solo archivo con metadatos no estándar
- Sakura (.svslide): base de datos SQLite que contiene mosaicos piramidales y metadatos
- MIRAX (.mrxs): archivos múltiples con índices y metadatos propietarios muy complicados
- Trestle (.tif): TIFF en mosaico piramidal de un solo archivo, con metadatos no estándar y superposiciones; Los archivos adicionales contienen más metadatos e información detallada de superposición.
- Ventana (.bif, .tif) BigTIFF en mosaico piramidal de un solo archivo con metadatos no estándar y superposiciones
- TIFF en mosaico genérico (.tif): TIFF en mosaico piramidal de una sola fila
Acerca de esta lista
Hemos compilado esta lista aquí para ayudar a investigadores, estudiantes y desarrolladores, facilitándoles la búsqueda de visores y análisis de imágenes de diapositivas completas gratuitos y de código abierto. por lo tanto, pueden utilizarlo libremente en su trabajo, leer el código, desarrollarlo o integrarlo en sus sistemas actuales.
Nuestra lista incluye bibliotecas de programación, software y proyectos en GitHub.
Visores de imágenes de diapositivas completas
1-QuPath
QuPath es un software liviano de análisis y visualización de diapositivas virtuales que funciona para Windows, Linux y macOS. Es un proyecto de código abierto creado utilizando tecnologías Java. QuPath se desarrolla en la Universidad de Edimburgo.
Hemos proporcionado una breve reseña sobre QuPath enumerando sus características en este artículo.
2- Citomina
citomina
citomina es una plataforma integrada de análisis y visor de diapositivas completas de código abierto. Admite muchos formatos de diapositivas virtuales (WSI), funciona en Windows, Linux y macOS. Con su cliente basado en web, admite la colaboración y el análisis remoto para investigadores y equipos externos.
Para obtener más información, hemos escrito una reseña detallada sobre Cytomine, es posible que deba consultarla.
3- órbita
Orbita
Orbita es un programa de análisis de imágenes de diapositivas completas que tiene máquina integrada y algoritmos de aprendizaje profundo. Orbit está diseñado para investigadores de IA, pero también funciona como visor para patólogos clínicos; sin embargo, recomendaríamos otro software para patólogos y con fines educativos de histopatología.
Orbit es compatible con el servidor OMERO, que es un servidor de patología digital para almacenar, mostrar y administrar imágenes de diapositivas completas.
4- Lo antes posible
lo antes posible
lo antes posible es un visor de imágenes de diapositivas completas de código abierto, utiliza la biblioteca OpenSlide que ya admite múltiples extensiones de diapositivas virtuales. Utiliza la biblioteca OpenCV, DCMTK y la biblioteca Boost C++.
Actualmente, ASAP es compatible con Windows (64) y Linux (Debian, Ubuntu).
5- OpenSlide con OpenSeadragon
Archivo de diapositivas sobre cáncer
OpenSlide es una biblioteca C de código abierto que permite al desarrollador procesar imágenes de diapositivas completas (diapositivas virtuales). OpenSeadragon es una biblioteca de JavaScript que permite a los desarrolladores crear un visor de imágenes de alta resolución con soporte de zoom avanzado.
Ambos proyectos se han utilizado en varios proyectos histopatológicos en línea. Cubrimos algunos de ellos mientras los revisamos:
- Abrir diapositiva
- AbiertoSeadragon
6- ImagenJ de SlideJs
ImagenJ es un famoso visor de imágenes médicas de código abierto, con un complemento personalizado llamado SlideJ, ImageJ puede mostrar fácilmente imágenes de diapositivas completas, incluidas Aperio .SVS, Leica .SCN, Hamamatsu .NDPI, Mirax, TIFF en mosaico genérico y TIFF normal.
SlideJ divide la imagen grande en mosaicos cuadrados con configuraciones configuradas por el usuario. SlideJ se basa en bioformatos de OME (entorno de microscopía abierta)
7- Visor OMERO
OMERO es un servidor de patología digital diseñado para almacenar, administrar imágenes de diapositivas completas y proporcionar a los desarrolladores herramientas API para crear aplicaciones personalizadas sobre ellas. OMERO es una producción de OME (Open Microscopy Environment).
OMERO Viewer es un visor de imágenes de diapositivas completo personalizado para mostrar imágenes desde el servidor OMERO. Admite visualización de múltiples imágenes, ROI, anotaciones y viene con opciones de visualización avanzadas.
Le recomendamos leer nuestra reseña sobre OME (Open Microscopy Environment) y su increíble trabajo aquí.
Aquí hay un vídeo de 10 minutos que lo muestra en acción.
OMERO iViewer
8- Vista JVS
JVSVer es un paquete de Windows para mostrar diapositivas virtuales, está escrito en C++ y funciona en Windows de 64 bits/32 bits.
JVSView admite imágenes locales y remotas de JVSserv, un servidor JPIP para el servicio remoto de diapositivas virtuales JPEG2000. También admite múltiples visualizaciones en pantalla completa, visualización en múltiples capas y almacenamiento de ROI como metadatos XML. Proporciona una integración perfecta con ImageJ. Es gratis para usuarios no comerciales.
9- PMA.inicio
PMA.start (Patomación) es un paquete gratuito de análisis y visor de imágenes de
diapositivas completas, que viene con un sistema modular y extensiones para admitir la integración de ImageJ y la API de servicios web.
A diferencia de varios paquetes de microscopía, Pathomation utiliza OpenLayers, no OpenSlide y varias tecnologías web como jQuery, jQueryUI, Bootstrap. y sólo está disponible para Windows.
Para obtener más información sobre cómo funciona PMA.start, recomendamos ver la siguiente presentación.
10-caMicroscopio
caMicroscopio es un visor de imágenes de patología digital de código abierto basado en la web que admite anotaciones y marcas generadas por humanos o máquinas.
caMicroscope utiliza OpenSeadragon, la biblioteca de alta resolución de JavaScript, y IIPImage, un servidor de imágenes de código abierto diseñado para la visualización en streaming basada en web y el zoom de imágenes de ultra alta resolución. Utiliza un método basado en mosaicos para mostrar imágenes de alta resolución dentro del navegador web. También admite múltiples protocolos (protocolos IIP, IIIF, Zoomify y DeepZoom).
Tenga en cuenta que caMicroscope está en desarrollo activo.
Conclusión
Las soluciones de código abierto son rentables para los laboratorios y los investigadores, ya que permiten a los desarrolladores e ingenieros de software ampliarlas e integrarlas con sus aplicaciones. Hemos recopilado más de 30 proyectos, pero elegimos los más maduros y utilizables, con la esperanza de que esta lista beneficie a nuestros lectores.
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