Avogadro: el editor molecular y la visualización
Avogadro es una herramienta de visualización y editor molecular de escritorio de código abierto y gratuita, diseñada para su uso en Mac, Windows y Linux en química computacional, modelado molecular, bioinformática, ciencia de materiales y áreas relacionadas. Ofrece renderizado flexible de alta calidad y una potente arquitectura de complementos. Es un paquete sencillo y fácil de usar, listo para que lo utilicen estudiantes e investigadores.
A diferencia de otros visores moleculares 2D/3D basados en la web sobre los que hemos publicado antes: software de modelado molecular y de proteínas 3D de código abierto y gratuito basado en la web, Avogadro utiliza OpenGL directamente y ofrece paquetes de escritorio nativos.
Avogadro en macOS
Avogadro utiliza OpenGL (Biblioteca de gráficos abierta), un conjunto de estándares que permiten que los programas informáticos utilicen funciones de renderizado de hardware (GPU) 2D/3D. Avogadro admite renderizado y cálculo de subprocesos múltiples desde el primer momento. Tiene herramientas interactivas, comandos personalizados y permite scripts de Python personalizados.
Reflejos
- Multiplataforma: (Windows, Linux, Mac OSX)
- Ligero
- Ser único
- Alto rendimiento
- Requisito mínimo de hardware
- Traducido al chino, francés, alemán, italiano, ruso, español y algunos otros idiomas en el proceso de traducción.
Características
- Interfaz clara y fácil de usar
- Diferentes tipos de pantalla
- Un gran conjunto de herramientas de medición, alineación, visualización, manipulación y dibujo.
- Extensiones empaquetadas con el administrador de extensiones
- Importar desde varias aplicaciones
- Admite muchos formatos abiertos
- Construye modelos de moléculas 2D
- Construye modelos de moléculas en 3D
- Insertar, construir y modificar módulos prediseñados (ADN, ARN, Fragmento, SONRISAS, Péptido, Polímero)
- Visualización de mapas de potencial electrostático
- Construyendo nanotubos de carbono
- Visualización de propiedades espectrales
- Uso del análisis de átomos en moléculas (Bader): QTAIM y WFN
- Interacciones molécula-superficie
- Herramientas para colorear
Herramientas
- Herramientas de navegación
- Herramienta de manipulación centrada en bonos
- Herramientas de dibujo
- manipular herramienta
- Herramientas de selección
- Herramienta de rotación automática
- Herramienta de optimización automática
- Herramientas de medida
- Alinear herramientas
Educación
Los tutoriales de Avogadro.
El equipo de Avogadro proporciona un conjunto de tutoriales para que los desarrolladores los ayuden, compílelo desde el código fuente, cree y contribuya con sus extensiones, lanzan una API clara documentación.
La filosofía del diseño de Avogadro
Avogadro comenzó con una sola idea. Todos los grandes editores se mejoran mediante complementos.
Bajo el capó
usos de avogadro Babel abierta “The Open Source Chemistry Toolbox”, que proporciona flexibilidad y colaboración entre otros software/formatos y permite a cualquiera buscar, convertir, analizar o almacenar datos de modelado molecular, química, materiales de estado sólido, bioquímica o áreas relacionadas.
Open Babel es un paquete de química de código abierto preferible que se ejecuta en múltiples plataformas, incluidas Windows, macOS y Linux (Ubuntu, Debian, Fedora, RedHat). Viene con GUI e interfaces de línea de comandos. Se ha utilizado en más de 30 proyectos que incluyen soluciones comerciales y de código abierto.
Ayuda Avogadro
Avogadro es un proyecto de código abierto que pretende ser utilizado en todo el mundo sin restricciones por desarrolladores, investigadores y estudiantes. Cómo ayudar a Avogadro:
- Difundir la palabra
- Contribuir con el documentación
- Escriba tutoriales para estudiantes, desarrolladores e investigadores.
- Comparte tus pensamientos
- Únase al esfuerzo de traducir Avogadro a su idioma
- Informar errores
- Solicitar características y mejoras
Avogadro es accesible a través GitHubIRC (#avogadro), gorjeo.
Licencia
Avogadro es software libre; puede redistribuirlo y/o modificarlo según los términos de la Licencia Pública General GNU publicada por la Free Software Foundation; ya sea la versión 2 de la Licencia o (a su elección) cualquier versión posterior.
Descargar
- La aplicación para macOS, Linux y Windows.
- El código.
Etiquetas
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