OME (Open Microscopy Environment) es una iniciativa de código abierto que tiene como objetivo producir software de código abierto y estándares de formato para datos de microscopía. El proyecto lo iniciaron investigadores de la Universidad de Dundee, luego obtuvo la atención y el apoyo de investigadores, desarrolladores y científicos de todo el mundo, de universidades, institutos, laboratorios, empresas y desarrolladores de código abierto.
Proyectos OME
El equipo de OME había lanzado 3 proyectos que tienen un gran impacto en la patología digital. Aquí le proporcionaremos una descripción general de todos ellos:
1- OMERO
OMERO
OMERO es una solución cliente-servidor de código abierto que proporciona una plataforma para gestionar, visualizar y analizar imágenes de microscopía. Es una solución completa para administrar imágenes de diapositivas completas con potentes funciones para crear aplicaciones sobre ellas o usarlas con una aplicación existente.
OMERO se basa en una arquitectura sólida, tiene una API fácil de desarrollar, múltiples clientes para diferentes sistemas operativos y también admite múltiples lenguajes de programación.
OMERO se utiliza como servidor de imágenes de microscopía opcional en Orbit (plataforma de análisis de imágenes de diapositivas completas con soporte para BigData y aprendizaje automático/aprendizaje profundo).
Orbit es un análisis de diapositivas virtuales/imágenes completas de código abierto que admite aprendizaje automático, aprendizaje profundo y big data (Apache Spark). Está diseñado para investigadores y especialistas en software de inteligencia artificial. Lea nuestra breve reseña al respecto aquí: Orbit: la patología digital se combina con la IA (aprendizaje automático y aprendizaje profundo) y Big Data con sabor a código abierto.
Reflejos:
- Clientes (Linux, Windows y macOS)/Servidor/Complementos (Fiji, Matlab)
- Java, Python, API REST
- La API OMERO permite escribir clientes en Java, Python, C++ o MATLA
- La plataforma OMERO incluye un cliente Java OMERO.insight, un cliente web basado en Python OMERO.web, una interfaz de línea de comandos que utiliza Python y un complemento Java ImageJ.
- Trabaje con sus datos en Python, Java, MATLAB y C++.
- Secuencias de comandos del servidor con Python
- Soporte de análisis por servidor OMERO utilizando tablas de base de datos.
2- Bioformatos
Bio-Format es una biblioteca Java impulsada por la comunidad para leer y escribir archivos de imágenes de microscopía y metadatos. Utiliza formatos abiertos y estandarizados.
Bio-Format se utiliza en OMERO, así como en algunos potentes programas de análisis de imágenes médicas como ImageJ, CellProfiler y Icy. También se puede utilizar con Matlab.
Bio-Formats 5 mejora el soporte para detección de alto contenido, imágenes en lapso de tiempo, patología digital y otros formatos de imágenes multidimensionales complejos, leyendo más de 150 formatos de archivos y sus metadatos según el estándar de modelo de datos OME. [src:OME] API Java de Bio-Formats, que admite la lectura de más de 140 formatos de archivo y la escritura de más de 15 formatos de archivo. [src:OME]
3- Archivos OEM OME-TIFF
Los archivos OEM son similares a los BioFormats pero se centran en un tipo de archivo específico: OME-TIFF. Lee y escribe archivos OME-TIFF con soporte para el modelo de datos OEM, lo que facilita la visualización y el análisis de archivos OEM-TIFF.
Los archivos OEM están disponibles para descargar para Linux (Ubuntu), Unix (FreeBSD), macOS (10.12 y posteriores), CentOS (7.3 y 6.9) y Windows (32 y 64 bits). OEM también ofrece el código fuente.
Licencia OEM
El código fuente de OMERO y BioFormats se publica bajo GPLv3. Sin embargo, existe una licencia comercial de Glencoe Software, una empresa formada por miembros del equipo central del OEM que proporciona soluciones comerciales y soluciones personalizadas basadas en productos OME.
Bioformatos:
Según los términos de la licencia pública “copyleft” de GNU, cualquier paquete de software que enlace a Bio-Formats, ya sea directa o indirectamente, no puede distribuirse a menos que su código fuente también esté disponible según los términos de la GPL. Algunos componentes que proporcionan implementaciones de lectura y escritura para formatos de archivos abiertos se publican bajo una licencia BSD-2 más permisiva que permite software de terceros que no son GPL. Para obtener una lista completa de los formatos de archivo incluidos en la licencia BSD, consulte la columna BSD de la tabla de formatos admitidos. Los desarrolladores de software que no sean GPL y que deseen aprovechar componentes Bio-Formats no cubiertos por la licencia BSD pueden adquirir una licencia comercial de Glencoe Software.
Archivos OEM:
Los archivos OEM se publican bajo la licencia BSD-2.
Recursos
Conclusión
OME proporciona una infraestructura sólida para patología digital, para investigación, creación de aplicaciones de diagnóstico clínico y educación. Proporciona a los desarrolladores paquetes de software de código abierto que les permiten crear aplicaciones de patología digital listas para producción con potentes funciones. Es compatible con múltiples plataformas y ha sido probado en batalla con varias producciones. OEM es mantenido y desarrollado y mejorado continuamente por grupos de investigadores que incluyen biólogos, ingenieros de software, desarrolladores de software y especialistas en bioinformática, y es poco probable que se abandone o se suspenda en un futuro cercano.
Análisis de imágenes de diapositiva completa
Software de análisis y visores de imágenes de diapositivas completas gratuitos y de código abierto
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Patología Código abierto Desarrollo bioinformático Artículos Multiplataforma
