Tue. Mar 5th, 2024

Química de código abierto: 18 bibliotecas y marcos para química

By admin Jan 30, 2024

Como nosotros en MEDevel.com estamos buscando aplicaciones médicas y de atención médica de código abierto, así como educación y desarrollo de software. La química no es una excepción. Así que aquí está nuestra lista de marcos y bibliotecas de química de código abierto.

1- Química Abierta

Química abierta tiene una colección de proyectos específicos de química de código abierto

  1. Avogadro; una aplicación de escritorio para editar y visualizar datos moleculares
  2. MoleQueue proporciona integración de escritorio de recursos informáticos de alto rendimiento (HPC), junto con ejecución local de código independiente. Es una pequeña aplicación residente en la bandeja del sistema, basada en Qt, que facilita el acceso a los recursos informáticos desde aplicaciones gráficas.
  3. Tomviz ofrece una aplicación de escritorio para el procesamiento, visualización y análisis de datos tomográficos 3D.

2- Moléculas abiertas

Moléculas abiertas contiene algún conjunto de proyectos de código abierto como

  1. guerrero de datos; un programa de análisis y visualización de datos de código abierto con inteligencia química integrada.
  2. Osiris Property Explorer fue lanzado originalmente en 2000 por Actelion Pharmaceuticals Ltd.
  3. Torsion Explorer es una herramienta fácil de usar para aprender sobre las conformaciones de las moléculas.
  4. www.webreacciones.net. Desde

3- Kit de desarrollo de química

CDK o Chemistry Development Kit es una biblioteca Java modular de código abierto para química-informática.

Características y funcionalidades

  • Representación de enlaces de valencia de moléculas y reacciones.
  • Leer y escribir formatos de archivos: SMILES, SDF, InChI, Mol2, CML y otros.
  • Algoritmos eficientes de procesamiento de moléculas: búsqueda de anillos, kekulización, aromaticidad.
  • Generación y renderizado de coordenadas.
  • Identificadores canónicos para una búsqueda rápida y exacta.
  • Búsqueda de patrones de subestructura y SMARTS.
  • ECFP, Daylight, MACCS y otros métodos de huellas dactilares para búsqueda de similitudes.
  • Cálculos del descriptor QSAR

4-PSI4

PSI4 es una biblioteca de código abierto para química cuántica que se publica bajo la licencia LGPL3 y está disponible para C++ y Python.

5- Araña química

químicaaraña es una base de datos de estructuras químicas gratuita que proporciona acceso rápido de búsqueda de estructuras y texto a más de 100 millones de estructuras de cientos de fuentes de datos.

6- ChemDoodle

ChemDoodle es una biblioteca JavaScript gratuita de código abierto para interfaces científicas HTML5 rápidas y profesionales.

El Componentes web de ChemDoodle (CWC) la biblioteca es pura javascript Biblioteca de gráficos químicos y quimioinformática derivada de la ChemDoodle® aplicación y producido por iChemLabs.

Componentes web de ChemDoodle permitir al usuario presentar gráficos y animaciones 2D y 3D con calidad de publicación para estructuras químicas, reacciones y espectros.

7- NWChem

NWChem es una química computacional de alto rendimiento gratuita y de código abierto.

NWChem es desarrollado activamente por un consorcio de desarrolladores y mantenido por la EMSL ubicado en el Laboratorio Nacional del Noroeste del Pacífico (PNL) en el estado de Washington. Los investigadores interesados ​​en contribuir a NWChem deben revisar el Página de desarrolladores. El código se distribuye como código abierto según los términos del Licencia Comunitaria Educativa versión 2.0 (ECL 2.0).

El software NWChem puede manejar:

  • Biomoléculas, nanoestructuras y estado sólido.
  • De lo cuántico a lo clásico y todas sus combinaciones.
  • Estados terreno y excitado
  • Funciones de base gaussiana u ondas planas
  • Escalando de uno a miles de procesadores
  • Propiedades y efectos relativistas.

8- Babel abierta

Babel abierta es una caja de herramientas químicas diseñada para hablar los numerosos idiomas de los datos químicos. Es un proyecto colaborativo abierto que permite a cualquiera buscar, convertir, analizar o almacenar datos de modelado molecular, química, materiales de estado sólido, bioquímica o áreas relacionadas.

9- Centroa

Cantera es un conjunto de herramientas de código abierto para problemas relacionados con la cinética química, la termodinámica y los procesos de transporte.

10-PySCF

El marco de simulaciones de química basadas en Python (PySCF) es una colección de código abierto de módulos de estructura electrónica impulsados ​​por Python. El paquete proporciona una plataforma simple, liviana y eficiente para el desarrollo de metodologías y cálculos de química cuántica.

11- Licuadora Química

Blender es un software gratuito de diseño y modelado 3D de código abierto. licuadora química permite a los diseños y a los estudiantes dibujar productos químicos en una licuadora >2,8 utilizando entradas comunes.

El proyecto es de código abierto y se publica bajo la licencia MIT.

12- Webchem

webchem es un paquete R para recuperar información química de la web. Este paquete interactúa con un conjunto de API web para recuperar información química.

13- Termo

Termo es un software de código abierto para ingenieros, científicos, técnicos y cualquiera que intente comprender el universo con más detalle.

Facilita la recuperación de constantes de sustancias químicas, el cálculo de propiedades químicas dependientes de la temperatura y la presión (tanto termodinámicas como de transporte) y el cálculo de las mismas para mezclas químicas (incluido el equilibrio de fases) utilizando varios modelos.

Thermo está escrito en Python y se puede instalar usando Conda o desde la fuente.

14- Fluidos

fluidos La biblioteca es un software de código abierto para ingenieros y técnicos que trabajan en los campos de la ingeniería química, mecánica o civil.

Incluye módulos para tuberías, accesorios,
bombas, tanques, flujo compresible, flujo en canal abierto, propiedades atmosféricas, propiedades solares, distribuciones de tamaño de partículas, flujo de dos fases, factores de fricción, válvulas de control, placas de orificio y otros medidores de flujo, eyectores, válvulas de alivio. válvulas y más.

15- Catalyst.jl

Catalyst.jl es un paquete de modelado simbólico para análisis y simulación de alto rendimiento de redes de reacciones químicas para el lenguaje de programación Julia.

16- QuímicaML

químicaml es un conjunto de programas de informática y aprendizaje automático para el análisis, extracción y modelado de datos químicos y de materiales.

17- Computación Química

Esto es un proyecto de código abierto para exploraciones en informática química con Clojure.

18- QuímicaCSS

El química CSS Biblioteca para crear estructuras y ecuaciones químicas con solo HTML. Proyecto similar a: MatemáticasCSS.

Si conoce algún otro marco o biblioteca de química que no hayamos mencionado aquí, háganoslo saber.

Recursos

Foto de Karolina Grabowska.

Etiquetas

ciencia Marcos de biblioteca de código abierto Química

By admin

Related Post

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *