BioImageXD es un software de imágenes de microscopía de código abierto para procesar, analizar, visualizar y representar imágenes de microscopía multidimensionales.
El proyecto fue llevado a cabo por un equipo de investigadores que incluía microscopistas, biólogos celulares e ingenieros de software de las universidades de Jyväskylä y Turku en Finlandia, el Instituto Max Planck CBG en Dresde, Alemania y posteriormente le siguieron colaboradores de todo el mundo.
BioImageXD [src:BioImageXD]
La primera versión de BioImageXD se lanzó a principios de 2006, la última versión se lanzó en julio de 2012.
El proyecto tiene comentarios positivos en SourceForge. Sin embargo, el proyecto no se ha actualizado desde 2012.
Reflejos
- Gratis y de código abierto
- Todas las funciones admiten datos de series temporales 3D (4D)
- Canalizaciones de comandos y procesamiento por lotes sin programación
- Descripciones de funciones en pantalla y asistencia de codificación de colores
- Aprovecha VTK e ITK
- Admite muchas extensiones de archivos específicas de imágenes científicas y médicas
- Admite secuencias de comandos con Python
Características
Interfaz de usuario de BioImageXD. [src:BioImageXD]
- Múltiples modos de visualización de imágenes (rebanadas, galería, secciones ortogonales, renderizador 3D, proyección de intensidad máxima y media)
- Potentes herramientas de procesamiento de imágenes con tecnología C++
- Animador
- renderizador de superficies 3D
- renderizador de volumen 3D
- Cortes ortogonales 3D
- Visualización de datos de proteínas en 3D.
- Ejes, medidas de ángulos y distancias.
- Análisis cuantitativo: (análisis de ROI, segmentación 3D, análisis de colocalización (vóxel y objeto), análisis de objetos, seguimiento de movimiento y análisis de recuperación de fluorescencia después del fotoblanqueo (FRAP))
- Soporte de procesamiento por lotes
Tipos de archivos admitidos
- Carl Zeiss LSM
- Olimpo OIF
- Leica TXT y LIF
- PIC de BioRad
- MRC
- interarchivo
- TIFF, PNG, JPEG, BMP (lectura y escritura)
- OME-TIFF (lectura y escritura)
- VTK XML (escritura)
- Formatos internos de BioImageXD (lectura y escritura)
Bajo el capó
BioImageXD utiliza C++ y Python como principales lenguajes de programación para el software. Aprovecha el rendimiento de C++ y Python como lenguaje interpretado para ejecutarse en Windows, Linux y macOS. Utiliza varias bibliotecas y módulos de código abierto como VTK (The Visualization Toolkit), un paquete de código abierto con licencia BSD para gráficos por computadora, procesamiento y visualización de imágenes en 3D, e ITK (Insight Segmentation and Registration Toolkit), un paquete multiplataforma para Segmentación y registro de imágenes.
Requisitos previos
- Pitón 2.7
- wxPython 2.9.3 o posterior
- CMake 2.6 o más reciente
- SWIG 1.3.38 o posterior (la serie 2.xx no ha sido probada)
Consideración
- El proyecto no se ha actualizado desde 2012.
- No tiene paquetes oficiales preinstalados para las plataformas compatibles (Windows, Linux y macOS)
- El usuario debe seguir las instrucciones de instalación en el Wiki para instalar El software
- Requiere habilidades avanzadas para instalar, empaquetar y construir.
Conclusión
BioImageXD es un potente software de imágenes de microscopía, es lamentable que esté desactualizado y no tenga mantenimiento. Tampoco tiene un procedimiento de instalación simple ni proporciona paquetes de instalación preconfigurados para los usuarios. Sin embargo, su diseño presenta las características y especificaciones para que los desarrolladores de código abierto aprendan de él mientras crean software similar.
Etiquetas
Visualización imágenes médicas Patología Linux de código abierto Windows macos
