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BioImageXD: Open source software for microscopy images

By admin Jan 30, 2024

BioImageXD es un software de imágenes de microscopía de código abierto para procesar, analizar, visualizar y representar imágenes de microscopía multidimensionales.

El proyecto fue llevado a cabo por un equipo de investigadores que incluía microscopistas, biólogos celulares e ingenieros de software de las universidades de Jyväskylä y Turku en Finlandia, el Instituto Max Planck CBG en Dresde, Alemania y posteriormente le siguieron colaboradores de todo el mundo.

BioImageXD [src:BioImageXD]

La primera versión de BioImageXD se lanzó a principios de 2006, la última versión se lanzó en julio de 2012.

El proyecto tiene comentarios positivos en SourceForge. Sin embargo, el proyecto no se ha actualizado desde 2012.

Reflejos

  • Gratis y de código abierto
  • Todas las funciones admiten datos de series temporales 3D (4D)
  • Canalizaciones de comandos y procesamiento por lotes sin programación
  • Descripciones de funciones en pantalla y asistencia de codificación de colores
  • Aprovecha VTK e ITK
  • Admite muchas extensiones de archivos específicas de imágenes científicas y médicas
  • Admite secuencias de comandos con Python

Características

Interfaz de usuario de BioImageXD. [src:BioImageXD]

  • Múltiples modos de visualización de imágenes (rebanadas, galería, secciones ortogonales, renderizador 3D, proyección de intensidad máxima y media)
  • Potentes herramientas de procesamiento de imágenes con tecnología C++
  • Animador
  • renderizador de superficies 3D
  • renderizador de volumen 3D
  • Cortes ortogonales 3D
  • Visualización de datos de proteínas en 3D.
  • Ejes, medidas de ángulos y distancias.
  • Análisis cuantitativo: (análisis de ROI, segmentación 3D, análisis de colocalización (vóxel y objeto), análisis de objetos, seguimiento de movimiento y análisis de recuperación de fluorescencia después del fotoblanqueo (FRAP))
  • Soporte de procesamiento por lotes

Tipos de archivos admitidos

  • Carl Zeiss LSM
  • Olimpo OIF
  • Leica TXT y LIF
  • PIC de BioRad
  • MRC
  • interarchivo
  • TIFF, PNG, JPEG, BMP (lectura y escritura)
  • OME-TIFF (lectura y escritura)
  • VTK XML (escritura)
  • Formatos internos de BioImageXD (lectura y escritura)

Bajo el capó

BioImageXD utiliza C++ y Python como principales lenguajes de programación para el software. Aprovecha el rendimiento de C++ y Python como lenguaje interpretado para ejecutarse en Windows, Linux y macOS. Utiliza varias bibliotecas y módulos de código abierto como VTK (The Visualization Toolkit), un paquete de código abierto con licencia BSD para gráficos por computadora, procesamiento y visualización de imágenes en 3D, e ITK (Insight Segmentation and Registration Toolkit), un paquete multiplataforma para Segmentación y registro de imágenes.

Requisitos previos

  • Pitón 2.7
  • wxPython 2.9.3 o posterior
  • CMake 2.6 o más reciente
  • SWIG 1.3.38 o posterior (la serie 2.xx no ha sido probada)

Consideración

  • El proyecto no se ha actualizado desde 2012.
  • No tiene paquetes oficiales preinstalados para las plataformas compatibles (Windows, Linux y macOS)
  • El usuario debe seguir las instrucciones de instalación en el Wiki para instalar El software
  • Requiere habilidades avanzadas para instalar, empaquetar y construir.

Conclusión

BioImageXD es un potente software de imágenes de microscopía, es lamentable que esté desactualizado y no tenga mantenimiento. Tampoco tiene un procedimiento de instalación simple ni proporciona paquetes de instalación preconfigurados para los usuarios. Sin embargo, su diseño presenta las características y especificaciones para que los desarrolladores de código abierto aprendan de él mientras crean software similar.

Etiquetas

Visualización imágenes médicas Patología Linux de código abierto Windows macos

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